Lietuvoje nuo sovietinių laikų buvo įdiegti ir naudojami aštuoni JEOL elektronų mikroskopai. Jie naudoti 20-30 metų, tuo patvirtindami puikią JEOL reputaciją. Šiame tinklapyje pateikiame nuorodas į vartotojus, kurie naudoja šiuolaikinius, naujus mikroskopus, įsigytus šiame šimtmetyje.

VGTU (2011)
Naujausias ir geriausias Baltijos šalyse FE-SEM su Shotki tipo elektronų šaltiniu įdiegtas Vilniaus Gedimino technikos universiteto Termoizoliacijos mokslo institute 2011 metų vasarą. Elektroninis mikroskopas JEOL JSM-7600F išplėstas EDS mikroanalizės sistema „Oxford INCA Energy X-Max20”.

FTMC (2008, 2011)
Paprasčiausias, bet stabilus ir patikimas SEM su volframo elektronų šaltiniu įdiegtas Fizinių ir technologijos mokslų centro Fizikos institute 2008 metų vasarą. 2011 metų vasarą elektroninis mikroskopas JEOL JSM-6490LV, kuriuo galima vaizdinti negiliame vakuume, buvo išplėstas EDS/WDS mikroanalizės sistema „Oxford INCA Energy+ X-Max20”.